Este tipo de cromatografía baseia-se na capacidade das substâncias biologicamente activas de formar complexos estáveis, específicos e reversibles. A formação destes complexos implica a participação de forças moleculares como as interacções de Vão der Waals, interacções electrostáticas, interacções dipolo-dipolo, interacções hidrofóbicas e pontes de hidrógeno entre as partículas da mostra e a fase estacionária.