A cromatografía de filtración molecular é um método de cromatografía em coluna pelo qual as moléculas se separam em solução segundo seu peso molecular, ou mais precisamente, segundo sua rádio de Stokes, também conhecida como cromatografía por filtración em gel, separa as partículas da mostra em função de seu tamanho. Geralmente trata-se de uma cromatografía de baixa resolução de forma que se costuma utilizar nos passos finais do processo de purificación. Também é muito útil para a determinação da estrutura terciária e a estrutura cuaternaria das proteínas apuradas.

   Nesta cromatografía, a fase estacionária consiste em longos polímeros entrecruzados que formam uma rede tridimensional porosa. Aos fins práticos, as colunas empacotam-se com pequenas partículas esferoidales formadas por esses polímeros entrecruzados. Em consequência, estas partículas são porosas, e o tamanho dos poros é tal que algumas moléculas (o demasiado grandes) não poderão ingressar a esses poros, enquanto outras (as suficientemente pequenas) poderão passar livremente. Os poros ficam conectados formando uma malha ou rede, o qual determina uma série de caminhos a ser percorridos pelas moléculas que acedem ao interior desta.